Najstarsza znana nazwa miasta, Novus Wladislaw (z 20 stycznia 1185 r.) nawiązuje do imienia Włodzisław, będącego staropolską odmianą Władysława, a przymiotnik "Nowy" sugeruje ponadto bliżej nieznany związek z Włocławkiem, starszym nieco kujawskim grodem, od XII wieku siedzibą biskupów kujawskich.
Od XIII wieku przeważała inna nieco wersja nazwy miasta, a mianowicie z przymiotnikiem Juvenis, tj. młody, występującym bądź przed, bądź po głównym członie nazwy, który z kolei coraz częściej przybierał zlatynizowaną formę Wladislavia.
Z czasem oficjalna nazwa miasta uzyskała brzmienie Juniwladislavia, a z niej w czasach Rzeczypospolitej szlacheckiej wykształciły się spolszczone wersje: najpierw Iuniwłocław, a później Inowłocław. Niezależnie od tego funkcjonowały nazwy niemieckie: w wiekach średnich Leslau lub Jungleslau, potem zbliżona do polskiej wersja Inowrazlaw.
W rezultacie procesów germanizacyjnych w 1904 roku ustanowiono jako jedynie obowiązującą nazwę Hohensalza (tj. wysoka sól). Zmieniono ją po powstaniu wielkopolskim na Inowrocław, ale przywrócono jeszcze w okresie II wojny światowej.
Ponieważ dwie z podanych wyżej wersji, Wladislavia i Leslau, dotyczyły zarówno Inowrocławia jak i Włocławka, często obie te miejscowości mylono ze sobą. W tę pułapkę nazewniczą wpadł sam Jan Długosz, który słynne spotkanie królowej Jadwigi z wielkim mistrzem Konradem von Jungingen z 1397 roku zlokalizował w Inowrocławiu, podczas gdy w rzeczywistości miało ono miejsce w katedrze włocławskiej.
Od 2005 roku inowrocławianie świętują Imieniny Miasta, na pamiątkę pierwszej wzmianki o Inowrocławiu. Cykl imprez (koncerty, inscenizacje, wystawy, prelekcje) odbywa się około 20 stycznia każdego roku.
